27 ноября 1998 года отдел исполнения наказаний был преобразован в самостоятельное территориальное Управление исполнения наказаний Министерства юстиции Российской Федерации, с дислокацией в городе Сургуте, которое далее преобразовано в УФСИН России по ХМАО – Югре. 

За время существования Управление уголовно-исполнительной системы округа претерпела значительные изменения. Появились самостоятельные подразделения. На сегодняшний день в состав Управления входят две исправительные колонии для содержания осужденных мужчин общего и строгого вида режимов, участки колоний-поселений, в том числе и для женщин, следственный изолятор, лечебное исправительное учреждение, отдел по конвоированию, база материально-технического обеспечения, центр инженерно-технического обеспечения и вооружения и уголовно-исполнительная инспекция, с входящими в ее состав 23 филиалами, исполняющими наказания, не связанными с лишением свободы.